En tant qu'Organisation de Jeunesse, l'objectif principal des Jeunesses Scientifiques est de susciter l'intérêt des jeunes pour les sciences. Les Jeunesses Scientifiques souhaitent ainsi contribuer à la formation et à la culture scientifique des citoyens-adultes de demain.
Dans ce but, l'asbl organise des activités qui sont à la fois ludiques et scientifiques pour les enfants et adolescents de 5 à 20 ans :
Des formations spécifiques sont par ailleurs organisées à destination de leurs futurs animateurs ou des enseignants dans le cadre de formations continuées.
Le secrétariat national est situé au siège social de Bruxelles. Des antennes régionales sont situées à Liège, Mons et Namur (voir coordonnées).