Le musée offre une vingtaine de salles comprenant une collection unique d'objet d'art, d'objet rituel ou usuel de la culture africaine, des salles de géologie et minéralogie (évolution de la croûte terrestre, phénomène d'altération, vulcanologie,...), des salles sur la faunes équatoriales ( des insectes aux mammifères) ou l'archéologie (les périodes de l'âge du fer au paléolithique). Une suite de témoignages historiques évoque l'exploration de l'Afrique centrale et les premières réalisation des Belges.
Chaque année le Musée propose de nouveaux ateliers à destination du public scolaire, en rapport avec les expositions temporaires.
